高溫連續滅菌船用空調系統包括依次連接的進風綜合管路、加熱單元、冷卻單元、制冷單元和送風綜合管路。進風綜合管路包括新風管路、回風管路、氣體混合腔和進風管路。加熱單元和冷卻單元之間設有溫控調節閥，冷卻單元和制冷單元之間設有氣體膨脹閥；加熱單元包括一級加熱器、二級加熱器和三級加熱器；一級加熱器為高溫壓縮機，高溫壓縮機的動力輸入包括可切換的一級驅動器和二級驅動器，一級驅動器為驅動電機，二級驅動器為內燃機；二級加熱器和溫控調節閥之間設有連通至外界的管路。冷卻單元為冷卻換熱器。制冷單元包括制冷蒸發器、制冷壓縮機、制冷冷凝器、制冷膨脹閥。冷卻單元和制冷單元之間設置氣體膨脹閥。送風綜合管路送風至船上各個空調艙室。二級加熱器為電加熱器；三級加熱器為高溫換熱器，高溫換熱器經換熱管路連接二級驅動器內燃機的排氣管路。
  高溫連續滅菌船用空調系統能夠實現外界引入空氣、艙室循環空氣高溫滅菌，抑制船舶及海洋工程平臺空氣傳染疾病的傳播。